随着贸易经济的繁荣发展，进出口贸易对货品存储和运输的需求越来越细化，因此经过海关批准设立的深圳保税仓库成为专门存放保税货物的仓库，另外未办结相关海关手续的货物也可以先行存放在保税仓库，保税仓库根据使用对象的差异可以分为以下几种不同的仓库类型。
1、公用型保税仓库
公用型的保税仓库可以存放多种缓办海关手续的货物，面向社会各企业提供仓储管理服务，是口岸功能是一种延续存在，除了基础的仓储配送作用之外，还具有转口贸易、简单加工以及商品展示等服务性功能，公用型仓库通常是由国内的独立企业法人进行经营。
2、自用型保税仓库
自用型的保税仓库也是由国内独立企业法人经营，它与公用型的区别是只供本经营企业自用不对外使用，且公用型仓库有面积要求，而自用型面积可自定无其他条件，但是自用型保税仓库不可进行加工服务；另外公用型仓库的经营主体可以是贸易企业、物流企业和生产企业，自用型仓库只可以是贸易企业主体。
3、专用型保税仓库
贸易的货品种类繁多，一些特殊的物品具有一定危险性，因此需要专用的仓库进行存储，专用型的保税仓库可以对石油、成品油等特殊危险货品进行安全有效的存储管理，还可以专门进行备料和寄售维修服务，保障特殊性货品的贸易安全。
现今区域经济的高速发展让各地区的进出口贸易不断扩大，深圳保税仓库的应用率在各企业中达到更加普遍的推广，不管是公用型、自用型还是专用型的保税仓库，都可以有效地协助企业管理进出口货品的存储运输工作，提升企业贸易物流体验，促进企业经济上升的同时更有利于市场经济发展。