福田保税区于1991年5月28日经国务院批准设立，1993年2月18日隔离围网设施通过海关总署验收。围网面各为1.35平方公里。
福田保税区东起皇岗口岸，北邻广深珠高速公路，南沿深圳河，西至红树林自然保护区，毗邻深圳地铁与香港西北铁路接驳的皇岗地铁总站。